Skip to Main Content

Projekty badawcze w sieci VIA CARPATIA

Szczegóły projektu badawczego

Numer umowy
05/PRZ/1/DG/PCI/2019
Wykonawcy badań
RE/ WYDZIAŁ ELEKTROTECHNIKI I INFORMATYKI/ Rektor PRz
Tytuł
Technologia Oxford Nanopore: optymalizacja enzymów oraz analizy danych genomicznych pod kątem zastosowań komercyjnych
Streszczenie
Celem projektu jest doprowadzenie do postaci umożliwiającej potencjalną komercjalizację badań podstawowych i przemysłowych dotyczących technologii sekwencjonowania 4. generacji - Oxford Nanopore na PRz. Technologia ta jest innowacyjnym rozwiązaniem w zakresie analizy białek i ich mutacji posiadającym wiele praktycznych zastosowań w obszarze: szybkiej identyfikacji patogenów, monitorowania wirusów, analizy stanu środowiska, monitorowania stanu żywności, analizy odporności na antybiotyki, badań mutacji genetycznych prowadzących do raka. Szczególnie użyteczne jest tu rozwiązanie MinION pozwalające na sekwencjonowanie białek poprzez mobilne urządzenie USB. W ramach projektu przewidziane są badania podstawowe bazujące na seriach eksperymentów dotyczące optymalizacji przemysłowej enzymów wytwarzanych przez bakterie z rodzaju Bacillus (proteazy, amylazy, lipazy, chitynazy, pektynazy, jak również związki o działaniu bakteriobójczym i przeciwgrzybicznym).
Program
Regionalny Program Operacyjny dla Województwa Podkarpackiego 2014-2020 1.2 Badania przemysłowe, prace rozwojowe oraz ich wdrożenia
Rezultat badań
1. Wyhodowane nowe mutanty termotolerancyjnego szczepu Bacillus subtlis MSP4 otrzymane na drodze mutagenezy chemicznej z wykorzystaniem bromku etydyny. 2. Implementacja zarówno od strony programowej jak i sprzętowej serwera NanoForms do przetwarzania i analizy surowych danych bioinformatycznych. 3. Przygotowano serwer dostępny pod adresem http://nanoforms.tech
Możliwość zastosowania rezultatów
Przetwarzanie dla surowych danych genomicznych pojedynczych plików sekwencji (fastq) w celu uzyskania sekwencji DNA/RNA w postaci pliku fasta. Dla serwera NanoForms opracowano autorski algorytm pipeline przetwarzania danych z Oxford Nanopore Technology
Uczelnia
Politechnika Rzeszowska

Informacje o projekcie

Stopka
Minister Nauki

Zadanie finansowane w ramach zlecenia
Ministra Nauki pod nazwą "Politechniczna Sieć VIA CARPATIA im. Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego" w latach 2022-2025

MNiSW
Wersja: 0.1b Właścicielem i administratorem danych zawartych w bazie danych są uczelnie: Politechnika Rzeszowska, Politechnika Lubelska oraz Politechnika Białostocka. Zaprojektowanie witryny: Paweł Kuraś, Krzysztof Demidowski, Veronika Vanivska
Built with using Oracle APEX